Все ценности монастыря, включая бесценное собрание икон, были перемещены в Спасо-Преображенскую церковь – единственный действующий храм в Полоцке на тот момент. Насельницы обители были переведены в Жировицкий Свято-Успенский монастырь.
Возрождение монастыря началось лишь с принятием решения Священного Синода Русской Православной Церкви 6 июля 1989 года. Это был результат длительных усилий верующих и представителей церкви, которые боролись за возвращение монастыря к его исторической роли и восстановление его духовного значения. В 1990-м в монастырь вернулись и сестры из Жирович. В храмах и корпусах открывшейся обители начались ремонтно-реставрационные работы. Менее чем за два года монастырь преобразился. Вскоре и иконы вернулись в храм. В 1991 году часть икон из собрания бывшего монастыря перешла в восстанавливающийся Полоцкий Богоявленский собор.
Особого внимания заслуживают святые мощи преподобной Евфросинии. Дважды, в 1998 и 2006 годах, совершалось их переоблачение и освидетельствование. В результате медицинской экспертизы был установлен факт сохранения священных останков в нетленном виде без всяких средств консервации, несмотря на то, что мощи неоднократно переносились с места на место и пребывали в самых различных климатических условиях. Сохранились не только кости, но и мягкие ткани, кожа.
Сохранение мягких тканей и кожи – поистине уникальное явление, свидетельствующее о благодатной силе святой. Это чудо подтверждает веру и привлекает паломников со всего мира.
В 1997 году, в канун праздника Воздвижения Креста Господня, в Спасский монастырь был торжественно привезен воссозданный Евфросиниевский Крест, изготовленный брестским мастером Н. П. Кузьмичом. Копия креста, утраченного во время Великой Отечественной войны, воссоздан с невероятной точностью. А через 10 лет в монастырь была доставлена новая серебряная рака для мощей преподобной Евфросинии, созданная также Н.П. Кузьмичом по образцу раки, утраченной в 1921–1922 годах.
Хранятся в монастыре и чудотворные иконы. Среди верующих почитаются иконы Божией Матери «Эфесская» и «Красностокская». Особое достояние обители – иконы «Покров Пресвятой Богородицы», «Всецарица», «Иверская» и «Скоропослушница». Они написаны на Афоне и наследуют традиции афонского иконописания. На Афоне была написана и икона великомученика и целителя Пантелеимона, в которую вложена частица его мощей.
Кроме того, Кресто-Воздвиженский собор хранит несколько икон с памятными надписями, в том числе икону царя-мученика Николая II с металлической табличкой. Надпись на табличке указывает на пожертвование иконы в память о указе Николая II от 21.01.1910 г., разрешившем перенесение мощей преподобной Евфросинии из Киева в Полоцк.
История Спасо-Евфросиниевского монастыря – это пример стойкости веры, упорства в достижении цели и умения бережно хранить и восстанавливать культурное и духовное наследие.