В октябре 2003 года переименован в РУП «Институт льна». В апреле 2006 года под таким же названием вошел в состав РУП «Научно-практический центр НАН Беларуси по земледелию».

Сотрудники института активно участвуют в работе совещаний со специалистами сельскохозяйственного производства, республиканских, областных и районных семинаров, оказывают оперативные консультации по технологическим вопросам, возникающим в нестандартных ситуациях.

Налажено международное научно-техническое сотрудничество с ведущими научно-исследовательскими организациями Российской Федерации, Украины, Казахстана, Польши, занимающимися возделыванием и переработкой льна.